Em uma missão arqueológica para o fim do universo conhecido, Professor Daiba desencadeia involuntariamente um antigo horror de seus confins. Cinco anos depois, a força alienígena malévola põe em movimento um plano que reúne os vários membros da tripulação do Arcádia para navegar pelas estrelas mais uma vez, bem como trazer Tadashi Daiba para encontrar Harlock pela primeira vez (novamente).