Sora Hashiba tem estado no hospital após a sua queda de um andar superior da sua escola. Na sua primeira noite de volta ao dormitório, ele acorda com um rapaz a chamar-lhe de Yoru (cena engraçada tenho que acrescentar). Este intitula-se como Ran e informa-lhe que é o seu novo companheiro de quarto. No dia seguinte, Matsuri, amigo de infância de Sora, diz-lhe que o outro rapaz chama-se Sunao, ou Nao-kun (como ele lhe chama) e que é outro seu amigo de infância. Sora não consegue lembrar-se dele nem do seu passado. A aventura para a descoberta do passado começou!