Quando uma chuva venenosa de Xistazul caiu do céu, a humanidade se refugiou no subterrâneo para fugir da tragédia mortal, conhecida como Lágrimas da Lua Nova. 100 anos depois, as pessoas voltaram à superfície para começar uma nova era. Com a ameaça constante dos Eliminadores, os humanos criaram assentamentos, chamados Ninhos, ao lado de IA humanoides, chamadas Magus. Já em 2242, o Kanata sonha em ser Nômade. Enquanto explora as ruínas de um museu com o renomado Nômade Tokio, ele encontra uma Magus chamada Noir, que perdeu todas as memórias. A Noir tem dificuldades em tarefas do dia a dia, mas brilha numa batalha contra os Eliminadores. O Kanata se junta à Noir enquanto descobre o que é preciso para ser Nômade.