Situado em uma cidade de estudantes sobre-humanos cientificamente avançados, mas em um mundo onde magia também é real. A mão direita de Toma Kamijo, as Imagina Breaker, pode anular todas as magias, psíquicas, ou poderes divinos, mas não a sua própria má sorte. Um dia ele encontra uma jovem que paira sobre a grade de sua varanda. Ela se chama Index e é uma freira da Igreja da Inglaterra, que tem em sua mente todos os 103.000 livros mágicos, e agora muitas pessoas estão atrás de Index.