Ninjas ainda existem no Japão de hoje em dia. E são cerca de 200 mil. A organização ninja INN (Inteligência Nacional de NINJA) não é controlada pelo governo civil, visto que seus membros de elite cometem assassinatos e sabotagens em segredo. Existe uma organização que se opõe à INN: UN (Under Ninja). Ninja vs. ninja: como será que esta rivalidade sombria será resolvida?