Dez anos após a Batalha Cerimonial, um adolescente chamado Yuuki Judai se afasta para ingressar na Escola Duelista Yousei, localizada em uma ilha remota na costa do Japão. Lá ele conhece seus colegas e ganha alguns amigos, além de alguns inimigos. Judai é colocado na posição mais baixa de Osíris Vermelho, mas continua testando suas habilidades contra os estudantes e professores para provar seu valor como um duelo de Yousei e conquistar o respeito de todos ao seu redor.